Hai đội Biệt kích SEAL đầu tiên được thành lập vào tháng 1/1962 và đồn trú trên bờ biển Mỹ: Đội 1 tại bang California và Đội 2 tại bang Virginia. Tất cả thành viên SEAL đều đến từ các đội phá hủy dưới nước (UDT) của Hải quân Mỹ - những người giàu kinh nghiệm chiến tranh biệt kích trên bán đảo Triều Tiên.
Do nhân sự hoàn toàn đến từ UDT nên nhiệm vụ của SEAL là tiến hành chiến tranh chống du kích và các chiến dịch bí mật trong môi trường biển, ven sông. Thành viên của các đội SEAL mới thành lập được huấn luyện trong các lĩnh vực phi truyền thống như: cận chiến tay không, nhảy dù từ trên cao, phá hủy, ngoại ngữ...Đầu năm 1962, UDT bắt đầu khảo sát thủy văn, và cùng với các đơn vị khác của quân đội Mỹ, Bộ chỉ huy viện trợ quân sự Mỹ tại Việt Nam được thành lập. Tháng 3/1962, các thành viên SEAL được triển khai tới miền Nam Việt Nam với tư cách cố vấn phục vụ mục đích huấn luyện biệt kích của quân lực Việt Nam Cộng hòa theo đúng những phương pháp mà họ từng được đào tạo.
CIA bắt đầu sử dụng SEAL trong các chiến dịch bí mật vào đâu năm 1963. Các thành viên SEAL tham gia Chiến dịch Phượng Hoàng do CIA tài trợ với mục đíh bắt giam, ám sát các cán bộ Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam nằm vùng, những người tuyển dụng, đào tạo cơ sở cộng sản ở miên Nam Việt Nam, những người ủng hộ Việt Cộng. SEAL làm việc với các đơn vị thám sát tỉnh gồm các tay súng địa phương để tìm diệt Việt Cộng. Họ có nhiều hành động tàn bạo, khiến nhiều người bị giết trong các cuộc bố ráp, truy lùng, đột kích, nhiều người bị hành hình tại chỗ, không qua xét xử.
Trung đội SEAL tên là "X-quang" chụp ảnh trên bến tàu tỉnh Bến Tre. Nguồn: National Archives
Ban đầu, SEAL được triển khai ở Đà Nẵng và vùng phụ cận, chuyên huấn luyện lính quân đội Việt Nam Cộng hòa kỹ thuật lặn, chiến đấu, phá hủy chiến thuật du kích và chống du kích. Lính biệt kích Mỹ thường sơn mặt màu xanh lá cây để ngụy trang mỗi khi thực hiện các nhiệm vụ chiến đấu. Khi chiến tranh tiếp diễn, SEAL được triển khai hoạt động ở đặc khu Rừng Sác (huyện Cần Giờ, TP. HƠM) - nơi họ có nhiệm vụ chặn đường tiếp tế và chuyển quân của đối phương. SEAL cũng được triển khai ở Đồng bằng sông Cửu Long để thực hiện các chiến dịch ven sông, chiến đấu trên đường thủy nội địa.
Tháng 2/1966, một biệt đội SEAL thuộc Đội 1 tới Việt Nam để thực hiện nhiệm vụ. Hoạt động từ khu vực Nhà Bè, trong đặc khu Rừng Sác, biệt đội này báo hiệu sự có mặt liên tục của tổng cộng 8 trung đội SEAL ở Việt Nam sau đó. SEAL cũng hoạt động với vai trò cố vấn cho các đơn vị thám sát cấp tỉnh và người nhái của quân lực Việt Nam Cộng hòa. Lực lượng SEAL cũng có các hoạt động quấy phá ở miền Bắc Việt Nam và Lào, đồng thời bí mật xâm nhập Campuchia. Đội 2 sau đó cũng bắt đầu triển khai thành viên SEAL hoạt động độc lập với lực lượng biệt kích của Việt Nam Cộng hòa.
Năm 1967, một đơn vị SEAL tên là Det Bravo được thành lập, hoạt động hỗn hợp cả lính Mỹ và biệt kích Việt Nam Cộng hòa. Sau đó, các đơn vị thám sát tỉnh lần lượt ra đời. Tính đến năm 1968, SEAL hoạt động theo nhóm nhỏ 6 người, 2 nhóm tạo thành 1 đội. SEAL thường phục kích ban đêm theo kiểu đánh nhanh rút gọn, nhưng cũng có lúc rằm rộ tấn công đối phương bằng thuyền và trực thăng. Sau cuộc tổng tiến công Tết Mậu Thân năm 1968, Hải quân Mỹ đã phân tích và kết luận rằng, SEAL lẽ ra phải được huy động tốt hơn cho mục tiêu thu thập tin tức tình báo, thay vì chỉ chăm chăm phá hủy các mục tiêu của đối phương.
Vụ thảm sát Thạnh Phong
Vào khoảng 8-9 giờ tối ngày 25/2/1969, nhóm biệt kích hải quân SEAL do Trung úy Bob Kerrey chỉ huy tiến vào làng chài Khâu Băng, xã Thạnh Phong, huyện Thạnh Phú, tỉnh Bến Tre nhằm truy tìm 1 cán bộ của lực lượng Mặt trận dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam do nhận được tin từ tình báo trước đó. Trong đêm càn quét đó, toán lính Mỹ đã sát hại tổng cộng 20 người dân bao gồm người già, phụ nữ và trẻ nhỏ, hoàn toàn không có một người nào thuộc lực lượng cách mạng. Sau vụ thảm sát, Bob Kerry được tặng thưởng Huân chương Sao Đồng (Bronze Start) vì giết được 20 Việt cộng, phá hủy 2 căn nhà và thu được 2 vũ khí.
Bob Kerrey (ngồi giữa) tại Việt Nam năm 1965
Năm 1998, Bob Kerry đã thú nhận trên Tạp chí Time về cuộc thảm sát Thạnh Phong “Có một điều tôi sẽ nhớ đến lúc chết. Khoảng 14 xác phụ nữ và trẻ em, tôi không nhớ rõ. Tôi trông chờ nhìn thấy xác Việt Cộng với vũ khí, nhưng không... Hình ảnh đó bạn không bao giờ xua tan được”.
Cựu Thượng nghị sĩ Bob Kerrey
Năm 2001, Tờ báo The New York Times và chương trình truyền hình Mỹ 60 Minutes II (thuộc đài phát thanh, truyền hình CBS New) thực hiện các phóng sự về hành động của nhóm biệt kích do trung úy Bob Kerry dẫn đầu ở Thạnh Phong.
Như vậy, sau hơn 30 năm trực tiếp chỉ huy và thực hiện vụ thảm sát Thạnh Phong, Thượng nghị sỹ Bob Kerry (úc này đang tranh cử chức Tổng thống Mỹ) mới thừa nhận tội ác của mình trước dư luận quốc tế.
Hình ảnh và tư liệu về Thảm sát Thạnh Phong hiện đang trưng bày tại Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh - thuộc chuyên đề “Tội ác chiến tranh xâm lược”.