Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh hiện nay nằm trong khu đất giao giữa hai đường Võ Văn Tần và Lê Quý Đôn, tọa lạc tại số 28 Võ Văn Tần, Phường 6, Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh
Ít ai biết được rằng mảnh đất này là nơi Hoàng tử Minh Mạng (tức vua Minh Mạng, niên hiệu Minh Mạng) chào đời. Theo Đại Nam nhất thống chí, sau khi lên ngôi, vua Minh Mạng ra lệnh lập ngôi chùa tại mảnh đất này để ghi dấu tích nơi ngài chào đời, xem là vùng đất lành. Vua đã nói rằng: " Năm Tân Hợi (1791), Trẫm đã sanh nơi đây, ấy là chỗ quý tướng, nên dựng chùa để kỉ niệm phước lớn” Trong Đại Nam thực lục, Minh Mạng thứ 13 (1832), có viết: "Vua dụ rằng: "Lân Tân Lộc ở phía hữu thành Gia Định, khi trước, Hoàng thái hậu ta theo Hoàng khảo Thế tổ Cao hoàng đế ta vào Nam, từng đóng ở nơi ấy. Thực là hợp với điềm tốt "Cầu vồng trôi ở bến hoa” nghĩ đến đất quý phát phúc càng nên giữ mãi dấu tích, để khuyến khích sau này. Vậy nên xây dựng ngôi chùa ngay chỗ đất ấy, gọi là chùa Khải Tường để ghi sự tốt lành to tát chứng tỏ nơi phát phúc lâu dài”. Vua bèn lấy của kho 300 lạng bạc, giao cho quan địa phương, theo cách thức đã định của Bộ Công, gọi thợ xây dựng. Vì kinh phí do quốc khố đài thọ nên công việc xây dựng nhanh chóng hoàn tất và ngôi chùa được nhận danh hiệu chính thức là Quốc Ân Khải Tường tự. Tuy nhiên, ngôi chùa cùng với số phận của dân tộc Việt Nam, đã rơi vào tay thực dân Pháp.
Chùa Khải Tường xưa ( ảnh do Emile Gsen chụp trong khoảng những năm 1871-1874)
Ngày 18/12/1859, thiếu tướng Hải quân Rigault De Genouilly chỉ huy liên quân Pháp - Tây Ban Nha đánh chiếm thành Gia Định.
Vua Tự Đức cử Khâm sai đại thần Nguyễn Tri Phương đắp đồn Chí Hòa (tài liệu Pháp ghi là Kỳ Hòa) kháng cự. Quân Pháp liền chiếm một số chùa và đền miếu ở ngoại thành Quy để làm "phòng tuyến các ngôi chùa” (lignes despagodes), trong đó có chùa Sắc tứ Từ Ấn, Quốc Ấn Khải Tường, Sắc tứ Kim Chương...
Chùa Quốc Ân Khải Tường tự vì ở sát thành Gia Định, nên bị quân Pháp chiếm làm đồn lũy, Đại úy Thủy quân lục chiến Pháp tên Barbé nhận nhiệm vụ dân quân vào chiếm giữ. Barbé cho đem tượng Phật bỏ ngoài sân, cưỡng bức các sư phải rời chùa. Từ đó, chùa Khải Tường được gọi là đồn Khải Tường hay đồn Barbé (tên của đại úy trưởng đồn).
Đêm 07/12/1860, nghĩa quân của Trương Định ở Gò Công kéo lên Gia Định phục kích và giết chết Barbé ở bên ngoài đồn Khải Tường. Cũng trong giai đoạn này, vua Tự Đức có đặt một tấm bia đá ghi công đức của Phạm Quốc Công (Phạm Đăng Hưng) – ông ngoại của vua Tự Đức - từ kinh thành Huế chở về Gò Công, nhưng đến Vũng Tàu thì quân Pháp phát hiện, tịch thu. Quân Pháp cho đục xóa toàn bộ chữ Hán trên bia rồi khắc lên chữ Pháp làm mộ bia cho đại úy Barbé ở khu đất Thánh Tây (Công viên Lê Văn Tám ngày nay). Tấm bia này hiện đã được đem về lăng Hoàng gia ở Gò Công, Tiền Giang.
Năm 1869, đồn Barbé tức khung sườn còn lại của chùa Khải Tường bị phá hủy để xây dựng các công trình của chế độ thuộc địa.
Theo nhà văn Sơn Nam trong Bến Nghé xưa, thì về sau, khuôn viên chùa trở thành trường học con trai nhằm đào tạo giáo viên. Năm 1880, chùa bị tháo dỡ, trường dời qua cơ sở mới là trường Xách-lơ-lu (Chasseloup Laubat) xây cất xong khoảng năm 1877”... Pháp lấy tên Barbé đặt cho con đường này, nay là Lê Quý Đôn vì đường này ở bên hông chùa Khải Tường mà quân Pháp gọi là chùa Barbé, đồn Barbé.
Pho tượng Phật chùa Khải Tường được đem về cất giữ ở kho phủ Toàn quyền, sau đó được giao cho Hội Cổ học Ấn - Hoa. Hiện nay, tượng đang được trưng bày tại Bảo tàng Lịch sử Thành phố Hồ Chí Minh.
Thời gian sau nữa, trên nên đất chùa bỏ hoang này, Pháp cho xây cất một dinh thự dành cho quan chức trong bộ máy cai trị.
Trong thời kỳ Tổng Thống Ngô Đình Diệm cầm quyền, nơi này được dùng làm Trường Đại học Y Dược. Theo Vương Hồng Sển trong Sài Gòn năm xưa thì "nền chùa Khải Tường truy rõ lại, ở lọt vùng đất trường đại học Y dược hiện thời, số 28 đường Trần Quý Cáp, trên khu đất mang số bông đồ kim thời 1, 8. 9, - section B 2è feuille, ville de Saigon. Vị trí nên chùa định chừng ở lối dãy nhà bếp nhà xe của tòa nhà cũ Chưởng khế Mathieu”.
Sau khi chế độ của Tổng thống Ngô Đình Diệm bị lật đổ, các tướng lãnh cho các cố vấn quân sự đến trú đóng.
Sau ngày 30/4/1975, miền Nam được giải phóng, thống nhất đất nước. Đến ngày 04/9/1975, chính quyền cách mạng đã thành lập tại nơi đây Nhà Trưng bày tội ác Mỹ - Ngụy. Ngày 10/11/1990 đổi tên thành Nhà Trưng bày tội ác chiến tranh xâm lược. Đến ngày 04/7/1995, chính thức chuyển đổi thành Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh cho đến nay.
Hiện nay Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh là đơn vị trực thuộc Sở Văn hóa và Thể thao Thành phố Hồ Chí Minh. Nằm trong hệ thống các bảo tàng Việt Nam, các bảo tàng vì hòa bình thế giới và là thành viên của Hội đồng các bảo tàng thế giới (ICOM). Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh là Bảo tàng chuyên đề nghiên cứu, sưu tâm, lưu trữ, bảo quản và trưng bày những tư liệu, hình ảnh, hiện vật về những chứng tích tội ác và hậu quả của các cuộc chiến tranh mà các thế lực xâm lược đã gây ra đối với Việt Nam. Qua đó, Bảo tàng giáo dục công chúng, đặc biệt là thế hệ trẻ, về tinh thần đấu tranh bảo vệ độc lập tự do của Tổ quốc, về ý thức chống chiến tranh xâm lược, bảo vệ hòa bình và tinh thần đoàn kết hữu nghị giữa các dân tộc trên thế giới.
Bảo tàng lưu giữ hơn 20.000 tài liệu, hiện vật và phim ảnh, trong đó hơn 1.500 tài liệu, hiện vật, phim ảnh đã được đưa vào giới thiệu ở 09 chuyên đề trưng bày thường xuyên. Hiện nay với hơn 1 triệu lượt khách tham quan mỗi năm, Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh là một trong những địa chỉ văn hóa du lịch có sức thu hút cao, được sự tín nhiệm của công chúng trong và ngoài nước.
Ngày 05/9/2018 trang web du lịch quốc tế Trip Advisor đã vinh danh những bảo tàng được du khách bình chọn tốt nhất trên thế giới năm 2018 (hạng mục Travelers" Choice Awards for Museums 2018). Trong khi phần lớn các bảo tàng trong top 10 đều đến từ châu Âu và Bắc Mỹ thì Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh của Việt Nam là đại diện Châu Á duy nhất góp mặt.
Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh